现在关于倭寇人们已经消除了很多误解，比如认识到其组成人员更多是汉人走私者，比如导致倭寇产生的原因更多是罔顾民间商贸交流需求的海禁政策等。不过，关于倭寇自身的流变，其在明朝前期和后期所造成的不同威胁，以及它在中日朝三方关系中所扮演的角色，人们还知之不多。
据历史资料显示，倭寇从大明创建起就是日明关系中的核心问题。于 1369 年出使日本传达明朝建国消息的特使杨载，曾强硬要求日本禁绝倭寇。他甚至表示，如果日本不作为，将面临来自明朝的战争威胁。这个时期的倭寇一般被称为前期倭寇，他们在元朝末年，也就是日本南北朝初年便已开始在朝鲜半岛沿岸活动。
自古以来，朝鲜海峡中的对马、壹岐等岛屿就如同踏脚石一般为日本与朝鲜之间的交通活动提供了便利。而居住在田土狭窄、贫瘠的岛屿上的岛民们除了渔业之外，也多以海上贸易为生。高丽时代，对马岛民从事日本到朝鲜半岛的“进奉贸易”，并在釜山附近设置了定居点。随着高丽王朝遭到蒙古人的压迫，朝鲜半岛与日本之间的贸易活动也陷于瘫痪。
不能自给自足的对马岛民只得依靠将奴隶作为商品转卖等活动来确保粮食供应。因此，以对马为首，壹岐、北九州松浦等地的居民组成了首批袭扰朝鲜半岛的倭寇。此外，当时活跃于九州、濑户内海的海盗、武装商团也加入这场掠夺盛宴，并肆无忌惮蹂躏朝鲜半岛沿岸地区。此时的朝鲜正处于高丽王朝的末期，国力凋敝，疲于应付倭寇的袭扰。
一开始，倭寇活动于朝鲜南部沿岸以及其首都开城附近，袭击运送租米到首都的船只和仓库来补充自己的粮食储备。此外，他们还掳掠当地居民作为奴隶。随着时间的推移，倭寇的活动越来越猖獗，他们逐渐深入内地并开始袭扰朝鲜北部地区。活动规模也由两三条船、五六个人逐渐发展到四五百艘战舰、三五千人的庞大规模。面对如此严峻的形势，高丽王朝一方面向日本派出使者要求其禁绝倭寇，另一方面开始加强军备对倭寇加以讨伐。而正是因为在讨伐倭寇的战争中脱颖而出创建功勋，出身女真的高丽将军李成桂才得以拥兵自重，并在后来推翻高丽王朝，成为李氏朝鲜王朝的开国君主。
除了蹂躏朝鲜半岛沿岸地区外，倭寇从元末明初便已开始袭扰中国沿海地区。他们沿朝鲜半岛北上直达大陆沿岸，抢夺粮食奴役居民，其中以距离朝鲜较近的山东受害最深，此外江苏、浙江、福建也不同程度地遭到袭扰。对此，明朝一方面派使者赴日要求日本禁绝倭寇，一方面加强了沿海地区的防御。1419 年，明军在辽东望海埚给予倭寇决定性的一击。同年，朝鲜王国也派遣大军进攻作为倭寇巢穴的对马岛。至此，在东亚海域猖獗一时的倭寇问题得以暂时缓解。
进入 16 世纪，中国商品经济中白银流通日益畅旺，中国本土白银产量较低，而日本白银的产量从 16 世纪中叶开始急剧增加，加之海禁政策仍未废除，中日民间围绕白银的走私贸易就兴盛起来，为新一代倭寇的崛起创造了条件。
为迫使明朝满足其自由贸易的要求，以大走私贩王直为代表和首领的倭寇于 1552 年开始袭击江苏、浙江等地的沿海地区。从这以后的 10 年间，是后期倭寇最为猖獗的时期，仅 1555 年一年就有超过 100 次倭寇袭扰的记录。倭寇频繁出没于明朝东南沿海，杀人、纵火、抢掠，而且战斗力超强。据称当时一队仅 60 -70 人的倭寇曾侵入明朝内地达 80 天，期间流窜数千里，兵锋直达今安徽省的腹地，在被明军歼灭前他们已于沿途杀掠了 4000 余人。
虽然都被称为倭寇，但后期倭寇的特点与前期倭寇截然不同。当时明朝的文献中有关于“真倭三”的记载，说明后期倭寇的主要参与者是汉族，日本人在其中只占很小的比例。而且后期倭寇肆虐的区域主要在走私贸易比较活跃的长江以南，这一点也与前期倭寇大不相同。
不久之后，首开倭寇大举入侵明朝之先河的王直就返回日本并自称徽王，同时以五岛列岛为基地指挥倭寇的行动，一时间声势大振。明朝则悬赏白银万两和伯爵封号以换取王直的首级，不过收效甚微。
作为处理东南倭患最高负责人的总督胡宗宪借与王直同为安徽老乡的便利条件，对其施以怀柔政策。胡宗宪先将王直的母亲和妻子释放出狱，又写信以开放贸易为条件劝王直投降。后者在得知家人安全获释后心有所动，但仍不能完全信任胡宗宪，故由日本赶赴舟山观望形势。但是在胡宗宪派出人质表明诚意且竭力劝说的攻势下，王直终于打消疑虑，亲自赴约会谈，结果遭到诱捕并最终被处以极刑。在此之前，另一个曾与王直一起从事明日间走私贸易并频繁地袭扰过明朝的大倭寇头子徐海，也被胡宗宪用反间计迫降并处死。
后来名将戚继光又在福建攻破倭寇的巢穴，给予其致命一击。如此一来，自 16 世纪 60 年代以后，倭寇的势力终于衰落下去。倭寇残党则转移到明朝官府鞭长莫及的台湾等地继续活动。不过，最终使倭寇彻底绝迹的推手还是是明朝海禁令的解除。
1567 年，明朝进入隆庆皇帝时代，自明初以来实行了近 200 年的海禁政策终于走到尽头，海外贸易也获得了合法的地位。福建漳州的月港原本是走私贸易的据点，此后该地以海澄县的新面貌成为海外贸易的重要门户。自海禁令解除以后，中国商人很快便掀起了一个出海远航从事远程贸易的热潮，不少原来的倭寇残党也摇身一变成为合法商人。
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